En marzo de 1801 Humboldt y Bonpland regresan a Sudamérica, llegando por accidente a Cartagena de Indias, luego de que una tormenta desviara su barco.
Allí conocen a José Ignacio de Pombo, quien les narró los esfuerzos que en Santa Fe de Bogotá realizaba el sacerdote José Celestino Mutis al frente de la llamada Real Expedición Botánica del Nuevo Reino de Granada. Esto los determinó a cambiar los planes y dirigirse al interior del Nuevo Reino.
El historiador Michael Zeuske, de la Universidad de Colonia, Alemania, considera, en su tesis "Alexander von Humboldt y la comparación de las esclavitudes en las Américas", que
"El primer territorio americano visitado por Humboldt que no era parte de la periferia del imperio colonial hispánico (como Cumaná, Caracas, los llanos, Guayana, Parime, el Orinoco o Cuba...fue el Nuevo Reino de Granada. La Nueva Granada era un centro en el sentido de “reino”, o, mejor, “reyno”, es decir las partes del virreinato, gobernadas directamente por un virrey (en su tiempo el burócrata Pedro de Mendinueta). En cuanto a la experiencia de Humboldt en este territorio podemos comprobar tres aspectos de su viaje en real time: su predisposición de científico reformador, muy reforzada por sus experiencias en la Venezuela politizada, y su manejo de las complicadas redes de comunicación en cuanto a tres fenómenos que tenían que ver unos con otros: la revolución de Haití (que entre 1797 y 1802 ostentaba cierta estabilidad bajo Toussaint), el autonomismo de los criollos y la esclavitud.
Sin embargo, la llegada du Humboldt apenas fue considerada por el Gobernador Regio de Cartagena de Indias, Anastasio de Zejudo, quien escribió al Virrey el 10 de abril de 1801:
“…Rieux se me presentó ayér, y en vista delo q.e Vm. me dice le entregué su Pasaporte corriente, y saldrá luego p.a esa con el Prusiano Baron de Humboldt, á quién sin embargo de no habér órdenes aquí sobre el particular, le he permitido pase á presentarse á Vm., con respeto á la R.l orn [Real orden] que me manifestó, y por solo laqué [sic] le han permitido diferentes Gobernadores el uso desu [sic] comisión”.
El citado Zeuske señala: "Para los funcionarios imperiales, en la primera parte de su viaje, Humboldt no merecía una noticia en sus procederes burocráticos, con excepción de Vicente de Emparán en Cumaná. Eso se puede demostrar también con la correspondencia de Pedro Carbonell, gobernador y capitán general de Caracas: “Por aquí ninguna novedad particular; han llegado a Cumana los Correos [uno de ellos el barco que transportó a Humboldt y Bonpland – M.Z.] de Agosto y Sep.re [de 1799] ...“.[7] No da cuenta ni de la llegada de Humboldt. El gobernador de Cartagena tampoco escribe nada sobre Humboldt en ninguna de sus siguientes cartas al virrey".[8]
Arribo a Santafé de Bogotá [editar]
"Nuestra entrada en Santafé constituyó una especie de marcha triunfal. El Arzobispo nos había enviado su carroza, y con ella vinieron los notables de la ciudad, por lo cual entramos con un séquito de más de sesenta personas montadas a caballo. Como se sabía que íbamos a visitar a Mutis , quien por su avanzada edad, su prestigio en la Corte y su carácter personal es tenido en extraordinario respeto, procuróse por consideración a él, dar a nuestra llegada cierta solemnidad, honrándolo a él en nuestras personas. Por exigencias de la etiqueta, el Virrey no puede comer en la Capital en compañía de nadie, y así nos invitó a su residencia campestre de Fucha. Mutis había mandado habilitar para nosotros una casa cerca de la suya, y nos trató con extrema afabilidad. Es un anciano y venerable sacerdote de unos 72 años, muy rico además: el Rey paga 10.000 duros anuales por la Expedición. Desde hace quince años trabajan a sus órdenes treinta pintores; él tiene de 2.000 a 3.000 dibujos en folio, parecidos a miniaturas. Excepto la de Banks, de Londres, nunca he visto una biblioteca más nutrida que la de Mutis"